Na początku lat 80-tych do Grecji zaczęli napływać polscy emigranci polityczni i ekonomiczni. Już wówczas pojawił się projekt założenia szkoły dla dzieci polskich. W roku 1985 Kuria Arcybiskupia Greckiego Kościoła Katolickiego oddała na cele edukacyjne jedną ze swoich sal. W 1986 r. ochronkę zarejestrowano w Polskiej Macierzy Szkolnej w Londynie. Tak powstał zalążek przyszłej szkoły polskiej w Atenach. Na patrona placówki wybrano Romka Strzałkowskiego – trzynastoletniego ucznia, który zginął w czerwcu 1956r. w trakcie zamieszek na ulicach Poznania. Wkrótce, z powodu trudności lokalowych, działalność ochronki zawieszono.
W 1988 r. polscy jezuici rozpoczęli starania o reaktywowanie szkoły. Na nową jej siedzibę przeznaczono jednopiętrowy budynek przy ulicy Smyrnis 28. 24 października 1988 r. nastąpiła oficjalna inauguracja zajęć w Katolickiej Szkole Polskiej im. Romka Strzałkowskiego. Opiekę nad nowo powstałą placówka nadal honorowo sprawowała Polska Macierz Szkolna w Londynie. Jednocześnie przy Ambasadzie RP w Atenach funkcjonował Punkt Konsultacyjny, w którym naukę w zakresie języka polskiego, historii i geografii Polski pobierały dzieci oddelegowanych z kraju pracowników dyplomatycznych. W 1994 r. przy Niezależnym Związku Polsko- Greckim im. Iwanowa Szajnowicza zaczęła działać nowa szkoła polska. Istnienie trzech odrębnych placówek edukacyjnych nie sprzyjało integracji środowiska polonijnego, dezorganizowało pracę nauczycieli, negatywnie wpływało na proces dydaktyczny.
Nadal nie ustawały starania o utworzenie jednej placówki, spełniającej oczekiwania uczniów, rodziców i nauczycieli.3 lipca 1997 r. – ówczesny minister Edukacji Narodowej Jerzy Wiatr – wydal rozporządzenie, na mocy którego powstał Zespół Szkół Ogólnokształcących przy Ambasadzie RP w Atenach. W ten oto sposób zostały uwieńczone sukcesem wieloletnie działania przedstawicieli Ambasady, ośrodków polonijnych oraz nauczycieli. Od początku istnienia placówki organem koordynującym i sprawującym nadzór pedagogiczny jest Zespól Szkól dla Dzieci Obywateli Polskich Czasowo Przebywających za Granicą z siedzibą w Warszawie. Polska Szkoła w Atenach prowadzi naukę wszystkich obowiązujących w kraju przedmiotów, zarówno w systemie dziennym, uzupełniającym jak i w systemie kształcenia na odległość. Uwzględniając kraj pobytu dzieci, program wzbogacono dodatkowo o lekcje języka greckiego. Placówka mieści się w budynku wybudowanym specjalnie dla potrzeb szkolnych, w cichej, pełnej zieleni ateńskiej dzielnicy – Holargos. W roku szkolnym 2002/2003 trwały przygotowania do nadania szkole imienia Zygmunta Mineyki, którego niezwykła biografia łączy w sobie historie dwóch, jakże bliskich sobie krajów, Polski i Grecji. 3 marca 2003 roku szkoła zyskała swojego patrona – Zygmunta Mineykę.